Cet Observatoire fait partie du Réseau Vigie Nature.

La méthodologie est simple et peu contraignante : un observateur désirant participer au programme se voit attribuer un carré de 2×2 kilomètres tiré au sort dans un rayon de 10 kilomètres autour d’un lieu de son choix, ainsi que d’un carré de remplacement au cas où le premier carré serait inaccessible. Il peut également choisir le site qui lui convient

À l’intérieur de ce carré, l’observateur répartit 5 à 15 transects  (itinéraires) de manière homogène et proportionnellement aux habitats présents, sur lesquels il effectue quatre relevés chaque année, de mai à août. Tous les papillons vus sur les transects sont notés, et un relevé de l’habitat est également effectué, selon un code utilisé dans d’autres pays européens et adapté pour la France.

Les relevés papillons et habitat sont réitérés chaque année aux mêmes points et aux mêmes dates, dans la mesure de conditions météorologiques favorables, par le même observateur. 

Le protocole de suivi du programme est disponible sur le site internet, ainsi que de nombreuses informations sur la mise en place du programme.

Le niveau d’implication est de 4 fois par an.