Cet Observatoire fait partie du Réseau Vigie Nature.

La méthodologie est simple et peu contraignante : un observateur désirant participer au programme se voit attribuer un carré de 2×2 kilomètres tiré au sort dans un rayon de 10 kilomètres autour d’un lieu de son choix, ainsi que d’un carré de remplacement au cas où le premier carré serait inaccessible.

À l’intérieur de ce carré, l’observateur répartit 10 points de comptage de manière homogène et proportionnellement aux habitats présents, sur lesquels il effectue deux relevés de 5 minutes exactement (= EPS) chaque printemps, à au moins 4 semaines d’intervalle, avant et après la date charnière du 8 mai. Afin de mesurer les décalages de phénologie dus au réchauffement climatique, il est possible depuis 2011 d’effectuer un passage précoce entre le 1er et le 31 mars, et si possible à quatre semaines d’intervalle avec le passage d’avril. Tous les oiseaux vus et entendus sont notés, et un relevé de l’habitat est également effectué, selon un code utilisé dans d’autres pays européens et adapté pour la France.

Les relevés oiseaux et habitat sont réitérés chaque année aux mêmes points et aux mêmes dates, dans la mesure de conditions météorologiques favorables, par le même observateur. Le réseau national fonctionne sur la base de coordinations locales qui assurent une liaison entre la coordination nationale et les observateurs. Le protocole de suivi du programme STOC-EPS est disponible sur le site internet, ainsi que de nombreuses informations sur la mise en place du programme (avec notamment la liste des coordinateurs locaux à contacter pour participer au suivi).